Κουβαλάει από τα χρόνια της Τουρκοκρατίας τη δική του τραγική ιστορία, που το έχει κάνει γνωστό στο ευρύ κοινό. Είναι το σπήλαιο της Μιλάτου, στην Κρήτη όπου τον χειμώνα του 1823, ο Χασάν Πασάς επέδραμε στην περιοχή του Μιραμπέλλου.
Οι κάτοικοι, τότε, θέλοντας να αποφύγουν την καταστροφική μανία του Πασά, κατέφυγαν στις σπηλιές. Όσοι ζούσαν στις γύρω περιοχές, βρήκαν καταφύγιο στο σπήλαιο της Μιλάτου. Όταν, ο Πασάς πληροφορήθηκε ότι είχαν οχυρωθεί εκεί, έστειλε μεγάλη δύναμη ανδρών του για να το καταλάβουν.
Όμως, οι 150 Έλληνες οπλαρχηγοί πάλεψαν γενναία, κρατώντας μακριά το στρατό του Πασά, που υπέστη μεγάλες ζημιές. Η πολιορκία του Σπηλαίου ξεκίνησε στις 3 Φεβρουαρίου, το 1823 και διήρκησε πολλές ημέρες.
Λέγεται, μάλιστα, πως στη διάρκεια της γεννήθηκαν μέσα στο σπήλαιο 40 παιδιά. Στις 15 Φεβρουαρίου, οι Τούρκοι έβαλαν φωτιά στην είσοδο, με αποτέλεσμα το σπήλαιο να γεμίσει με καπνούς. Οι πολιορκημένοι Κρήτες αναγκάστηκαν να βγουν έξω και σφαγιάστηκαν από τον εχθρό. Αν και ο αριθμός των ανθρώπων που κατέφυγαν στο σπήλαιο, δεν είναι ιστορικά εξακριβωμένος, υπολογίζεται ότι ήταν περισσότεροι από 1000, κυρίως γυναικόπαιδα.
Σε ανάμνηση της σφαγής τοποθετήθηκε εγχάρακτη επιγραφή στην είσοδο του σπηλαίου, ενώ στο εσωτερικό του χτίστηκε εκκλησάκι και οστεοφυλάκιο.
Το σπήλαιο που είναι γνωστό και ως σπήλαιο του Ραπά, βρίσκεται βορειοανατολικά του χωριού Μίλατος στο νομό Λασιθίου σε υψόμετρο 70 μ., σε μία απότομη χαράδρα. Αποτελείται από αίθουσες διαφορετικών επιπέδων και προσανατολισμού, με παρουσία λιθωματικού διακόσμου.
